Rasmus Kristoffer Pedersen

PhD i matematisk modellering - +45 23220212 - rasmuspedersen1992@gmail.com

Velkommen til mit personlige website. Her finder du mit CV og links til forskellige ting jeg har lavet.

Jeg er ansat som PostDoc på Roskilde Universitet og er del af PandemiX forskningscentret, hvor vi undersøger historiske pandemier og COVID-19 pandemien. Læs mere om PandemiX her.
I min Ph.D. arbejdede jeg med matematisk modellering af MPN, som del af Cancitis forskningsgruppen. Læs mere om Cancitis her.

Forskellige links:


Porteføjle

COVID-19 hospitaliseringsrater for vaccinerede

COVID-19 hospitalisering
2022

Heatmap til sammenligning af antallet af nyindlagte i forskellige aldersgrupper afhængigt af vaccination. Viser antal indlæggelser per 100.000 borgere i aldersgruppen, samt de rå tal bag. Da jeg lavede figuren fokuserede den offentlige debat på antallet af nyindlagte personer uden at tage hensyn til befolkningsgruppens størrelse (i uge 46 var der f.eks. 80 nyindlagte vaccinerede i 80+ aldersgruppen, mens der “kun” var 13 nyindlagte blandt uvaccinerede i samme aldersgruppe. Men relativt til befolkningsgruppernes størrelse var der tre gange så mange indlagte blandt de vaccinerede)

COVID-19 hospitaliseringsrater for vaccinerede, yderligere figurer

COVID-19 Nyindlæggelser COVID-19 nyindlagte 20-29

2022

Supplement til heatmap, der illustrerer antallet af nyindlæggelser og nyindlæggelser per 100.000 for én bestemt uge. For at tydeliggøre pointén yderligere illustrerede jeg også andellen blandt 20-29 årige som prikker der hver repræsenterede 5% af befolkningsgruppen.

COVID-19 case-fatality ratio

COVID-19 CFR
2022

Illustration af udviklingen i en naiv beregning af COVID-19 dødsfald per tilfælde (CFR) for Danmark fra pandemiens start til april 2022. Viser hvordan CFR falder da vaccination af udsatte begynder, stiger da Delta-varianten overtager, og sidenhen falder igen da boostervaccinationsprogrammet kommer igang og Omikron-varianten overtager. Inspireret af tilsvarende figur for UK af John Burn-Murdoch.

Undervisningsmateriale til gymnasier

Undervisningspakke Youtube screenshot

2022

Udvikling af undervisningsmateriale til rekruttering til RUC's uddannelser, bestående af en kort artikel, et opgavesæt og en video.

Materiale tilgængeligt online: https://ruc.dk/undervisningspakke-epidemier-og-matematiske-modeller

Interaktive figurer til “Kapløb med COVID” artikel

Oversigtsfigur til artikel Screenshot af interaktiv figur af hospitaliseringer
2021

Interaktive figurer der viser en modelberegning af COVID-19 bølgens udvikling i sommeren 2021. Stigende vaccineoptag og begrænset samfundssmitte betød at COVID-19 var ved at dø ud. Ankomsten af Delta- og senere også Omikron-varianten betød at yderligerer COVID-19 bølger kom. Udviklet til Videnskab.dk artikel: https://videnskab.dk/krop-sundhed/kaploebet-med-covid-19-kan-det-naa-at-gaa-helt-galt-eller-er-vi-allerede-i-maal/

Visualiseringer tilgængelige online: Interaktivt/CovidSommer/cases Interaktivt/CovidSommer/hospData

Interaktiv “Viral load” figur

Screenshot af viral load figur
2021

Illustration af viral load som følge af en COVID-19 infektion, og forskellige test-scenarier. Figuren viser hvordan hyppige tests med en mindre sensitiv test (f.eks. antigentest) kan være bedre til at detektere infektion, sammenlignet med mindre hyppige test med højere sensitivitet (PCR-test). Udviklet i forbindelse med PandemiX' myndighedsbetjening omkring udrulning af Danmarks COVID-19 testindsats i starten af 2021.

Visualisering tilgængelig online: InteractiveViralLoad

Interaktiv fremskrivning af Alpha-variantens fremkomst

Screenshot af interaktiv figur
2021

Faldende COVID-19 smitte efter julen 2020/2021 og ankomsten af B.1.1.7.-varianten (senere kaldet Alpha), betød at man, trods faldende smittetal, kunne forvente en stigning i smitte. Fremskrivning blev lavet omkring uge 5, og endte med at passe med udviklingen de følgende uger. Udviklet til Videnskab.dk artikel: https://videnskab.dk/naturvidenskab/britisk-variant-lurer-stadig-denne-interaktive-beregner-viser-hvorfor-vi-er-noedt-til-at-holde-fast/

Visualisering tilgængelig online: InteractiveExponential

Interaktiv SIR-model

Screenshot af interaktiv figur
2020, 2021, 2022

SIR-modellen er en klassisk model indenfor epidemiologien, som blandt andet var et af de matematiske argumenter for COVID-19-nedlukningen i marts 2020. Under COVID-19 pandemien lavede jeg forskellige interaktive visualiseringer af SIR-modellen for at gøre det nemt at få en intuitiv fornemmelse af hvordan modellen fungerer og hvordan modellens parameter, uden at det er nødvendigt at forstå matematikken bag.
Udviklet til flere Videnskab.dk artikler:
https://videnskab.dk/krop-sundhed/tilbage-til-begyndelsen-lav-dine-egne-corona-kurver/
https://videnskab.dk/krop-sundhed/vender-covid-19-for-alvor-tilbage/

Visualiseringer tilgængelige online:
Interactive/SIR/ og Interactive/SIRS/ og Interactive/SIR_simple/

Interaktiv SIR-model, agent-baseret

Screenshot af interaktiv simulering
2016 og 2017

Længe før COVID-19 gjorde sygdomsspredning og epidemiologi til hverdag, havde jeg som studerende allerede arbejdet med matematisk epidemiologi. Under min uddannelse var jeg del af RUC's Science Show, hvori vi formidlede studenterprojekter til gymnasieelever som del af RUC's rekrutteringsarbejde. I den forbindelse udviklede jeg en visualisering af en agent-baseret version af SIR-modellen som blev brugt i Science Show oplæg.

Visualisering tilgængelig online:
SIR

Videnskabelige Artikler

"Temperate climate malaria in nineteenth century Denmark"

Mathias Mølbak Ingholt, Tzu Tung Chen, Franziska Hildebrandt, Rasmus K. Pedersen, Lone Simonsen

Udgivet i BMC Infectious Diseases, Volume 22, Article number 432, 2022

"Dose‐dependent mathematical modeling of interferon‐α‐treatment for personalized treatment of myeloproliferative neoplasms"

Rasmus K. Pedersen, Morten Andersen, Trine A. Knudsen, Vibe Skov, Lasse Kjær, Hans C. Hasselbalch, Johnny T. Ottesen

Udgivet i Computational and Systems Oncology, 2021
Udgivet i Journal of Theoretical Biology, Volume 518, 2021

"Mathematical Modeling of MPNs Offers Understanding and Decision Support for Personalized Treatment."

Johnny T. Ottesen, Rasmus K. Pedersen, Marc J. B. Dam, Trine A. Knudsen, Vibe Skov, Lasse Kjær, Morten Andersen

Udgivet i Cancers, 2020, 12(8)

"Data-driven analysis of JAK2V617F kinetics during interferon-alpha2 treatment of patients with polycythemia vera and related neoplasms"

Rasmus K. Pedersen, Morten Andersen, Trine A. Knudsen, Zamra Sajid, Johanne Gudmand-Hoeyer, Marc J. B. Dam, Vibe Skov, Lasse Kjær, Christina Ellervik, Thomas S. Larsen, Dennis Hansen, Niels Pallisgaard, Hans C. Hasselbalch, Johnny T. Ottesen

Udgivet i Cancer Medicine, 2020, 9(6)

"Bridging blood cancers and inflammation: The reduced Cancitis model"

Johnny T. Ottesen, Rasmus K. Pedersen, Zamra Sajid, Johanne Gudmand-Hoeyer, Katrine O. Bangsgaard, Vibe Skov, Lasse Kjær, Trine A. Knudsen, Niels Pallisgaard, Hans Carl Hasselbalch, Morten Andersen

Udgivet i Journal of Theoretical Biology, 2019, Volume 465

"Mathematical Modelling as a Proof of Concept for MPNs as a Human Inflammation Model for Cancer Development"

Morten Andersen, Zamra Sajid, Rasmus K. Pedersen, Johanne Gudmand-Hoeyer, Christina Ellervik, Vibe Skov, Lasse Kjær, Niels Pallisgaard, Torben A. Kruse, Mads Thomassen, Jesper Troelsen, Hans Carl Hasselbalch, Johnny T. Ottesen

Udgivet i PLoS One, 2017 12(8)

Oplæg, præsentationer og lignende

"Modelling Hematopoietic Stem Cells and their Interaction with the Bone Marrow Micro-Environment."

Videnskabelig Talk (Aflyst grundet Corona-Virus)

ECMTB 2020, Heidelberg, Tyskland - September 2020 (Aflyst grundet Corona-Virus)

"Modelling Hematopoietic Stem Cells and their Interaction with the Bone Marrow Micro-Environment."

Online videnskabelig talk til "Statistics and Biomathematics Seminar"

Chalmers, Göteborg, Sverige - 21. april, 2020
Helsinki, Finland - 22. oktober, 2019
Roskilde Universitet, Danmark - 18. september, 2019

"Modelling the Dynamics of Hematopoietic Stem Cells"

Poster til "SIAM Conference on Applications of Dynamical Systems"

Snowbird, Utah, USA - Maj, 2019

"Modelling of Quiescent Stem Cells in Relation to Myeloproliferative Neoplasms"

Poster til "European Conference on Mathematical and Theoretical Biology"

Lisbon, Portugal - Juli, 2018

Yderlig videnskabelig formidling

I løbet af 2021, skrev jeg en række formidlingsartikler til et bredt publikum, udgivet på videnskab.dk. En komplet liste kan findes her.

"Communicating Science and Mathematics with Interactive Visualizations"

Talk ved DataViz CPH meetup

23. september, 2021

Uddannelse

September 2017 til november 2020

Kandidat i matematik og fysik

Cand. Scient., Roskilde Universitet

  • Speciale: "Uformaliserede Matematiske Problemer"
    Specialet undersøgte hvilket læringsmæssige potentiale der ved brug af en særlig type matematiske problemer i undervisning; Uformaliserede problemer. Problemerne er karakteristike ved at de kræver en matematisk undersøgelse af de studerende før udregninger kan foretages. Konkret blev der taget udgangspunkt i calculus.
    Projektarbejder:
  • "Investigation of polystyrene-b-polyisoprene using broadband dielectric spectroscopy" - Kandidatsemesterprojekt i fysik
    I projektet blev diblock copolymeren "polystyrene-b-polyisoprene" undersøgt eksperimentielt ved hjælp af bredbånd dielektrisk spektroskopi. Forsøg og databehandling blev selv udført.
  • "On the strategies used to attack unsolved mathematical problems" - Kandidatsemestersprojekt i matematik
    Projektet bestod af en overordnet gennemgang af en lang række matematiske artikler for at få indblik i hvordan forskellige matematiske discipliner bruges til udforskning af et uløst matematisk problem. Problemet der blev undersøgt er problemet kendt som Collatz' Conjecture.

August 2015 til august 2017

Bachelor i matematik og fysik

Bach. Scient., Roskilde Universitet

    Udvalgte projekter:
  • "Matematisk modellering af mæslinger" - Femte semesterprojekt i matematik.
    Projektet bestod konkret i en udvikling af en udvidet SEIR compartment-model. Formålet var at undersøge vaccinationsratens indvirkning på spredningen af mæslinger i en befolkning lig Danmarks, samt at sammenligne resultater med virkeligt data for registrerede sygdomstilfælde.
  • "Simulation of DNA-induced Self-assembly of Nanoparticles" - Bachelorprojekt i fysik.
    Projektet havde til mål at undersøge spontane grupperinger af specifikke molekyler i nanostørrelse ved at studere en avanceret molekylesimulering samt ved at udvikle en simplificeret molekylesimulering. Den simple simulering baseredes på en Monte-Carlo algoritme til simulering af Brownsk bevægelse.

August 2011 til juni 2014

HTX

Slotshaven, Holbæk

Fysik A / Matematik A linje

August 2008 til juli 2011

Erfaring

Videnskabelig assistent ved Institut for Naturvidenskab og Miljø

Roskilde University
Efterår 2021

PostDoc ved PandemiX forskningscentret

Roskilde University
Forår 2021

Kursusunderviser - "Mathematical modelling and dynamic systems"

Roskilde Universitet
Efterår 2018 og efterår 2019

Hjælpelærer - BK2

Roskilde Universitet
Forår 2017

Hjælpelærer - Calculus

Roskilde Universitet
Efterår 2016

Hjælpelærer - BK1

Roskilde Universitet
Efterår 2015

Udvikler af og aktiv del af Science Show

Roskilde Universitet
September 2016 til juni 2017

Årsvikariat Matematikunderviser

Roskilde Gymnasium
Jeg havde alene ansvar for matematikundervisningen af to 1.g klasser
September 2014 til juni 2015

Kompetencer og andet

IT-Kompetencer

  • Python - Megen erfaring
  • MATLAB - Megen erfaring
  • LaTeX - Megen erfaring
  • C# - Lidt erfaring
  • Java - Lidt erfaring
  • Microsoft Excel - Megen erfaring
  • General web-udvikling (HTML, Javascript, CSS) - Nok til at kunne lave denne hjemmeside.

Sprog

  • Dansk - Modersmål
  • Engelsk - Flydende mundtligt og skriftligt
  • Tysk - Begynder

Friviligt Arbejde

  • Medlem af formandskabet - Rusvejledningen 2014 Roskilde Universitet
  • Tutor for naturvidenskabelig linje - Rusvejledningen 2013 Roskilde Universitet
  • Tutor for humanistisk linje - Rusvejledningen 2012 Roskilde Universitet